Für die Führung des Transparenzregisters erhebt der Bundesanzeiger-Verlag von den Auskunftspflichtigen eine Jahresgebühr von 4,80 Euro zuzüglich Umsatzsteuer. Gemeinnützige, mildtätige und kirchliche Vereine können sich davon befreien lassen. Anträge sind über die Internetseite des Transparenzregisters zu stellen.
Das Transparenzregister dient der Bekämpfung von Geldwäsche, Steuerflucht sowie Terrorismusfinanzierung und erfasst außer den Vereinen alle wirtschaftlich Berechtigten juristischer Personen des Privatrechts und eingetragener Personengesellschaften.